IMHO конфликт условной компиляции и комментариев произошел от того, что два разных механизма используют один и тот же метод работы с текстом - пропуск текста до определенного слова/символа.
Правильное решение - вынести доступ к пропуску текста в отдельный лексикон и реализовать оба механизма через него! Получится, что слова знают о существовании др. друга! Заодно факторизация будет...
Можно предложить и простое(?) решение - слова условной компиляции должны быть первыми словами в строке (можно и жестче - с первой позиции строки). Или единственными словами в строке (вроде, м.б. проще в реализации).
Если это условие не выполняется, то интерпретация слов условной компиляции зависит от исходника (и комментировать слова условной компиляции можно).
