Для данной ПЛИС мне надо записать значение одного из входных сигналов в ее ПЗУ
как это сделать?
Какие команды использвать?

для начала стоило бы даташит прочитать и усвоить, что в ПЛИС серий Cyclone (да и многих других) нет никакого ПЗУ.
Они программируются записью в конфигурационное ОЗУ. При этом нет никакой возможности отдельного управления какими-либо входными (входные - значит сигналы снаружи подаются, и от ПЛИС вовсе не зависят) сигналами, ибо сигналы эти должны возникать ПОСЛЕ того, как ПЛИС загружена и включилась в работу согласно записанной в нее электрической принципиальной схеме.

Если есть возможность поделиться даташитом или ссылкой на него, буду очень благодарен

И все же можно ли входные данные с внешнего устройства записывать в ПЛИС так чтобы это сделать один раз, а при остальных включениях что бы эти данные уже были в ней?

www.altera.com

Нет, FPGA такой возможностью не обладают. Единственный вариант - заполнение блочной амяти предустановленными значениями. Но сначала стоит как следует посмотреть на маршрут проектирования для ПЛИС, поскольку это далеко не МК.

А если использовать спец. флэш память (к примеру EPCS4), то что надо сделать чтобы добиться сохранения внешних данных данных?

Спец-память предназначена для хранения конфигурационных данных, и перезаписывает ее обычно программатор.
Если надо что-то запомнить энергонезависимо, лучше использовать некую внешнюю флеш-ПЗУ. Если данных не сильно много - можно что-нибудь на подобие последовательной 24Cxx серии, если данных больше, смотреть в сторону стандартных флеш-ПЗУ, например, 29Fxxx или более емких, есть сейчас микросхемы памяти объемом и в гигабайты.

По-русски инфу можно pодчерпнуть на сайте www.altera.ru но переведенных даташитов там нет,
так что, их, все равно, с www.altera.com лучше брать.