Достался мне во временное пользование Platform Cable USB.

И тут выясняется, что разъем для кабеля у него хитрый - с шагом 2.0мм, а переходник для подключения платы с ПЛИС имеет кучку разноцветных проводов, и их 7 штук, тогда как на разъеме для JTAG-программирования на плате с ПЛИС их только 6.

Вот, и возникает вопрос, что надо подключать и куда?

По картинке на Platform Cable USB определяется куда подключать 5 контактов (JTAG-овские и GND),
и непонятно, что с 6-м. На плате это 3.3В и кандидаты на подключение к нему проводки Vref и INIT
- Как правильно подключить, чтобы не подпалить чего-нибудь?

Кроме JTAG (TMS, TCK, TDI, TDO - во избежание), есть еще GND и действительно Vref. Оно подключается к 3,3 В, и служит для того, чтобы программатор понял, что на плату подано питание.